Nasceu em Ponta Delgada, ilha de S. Miguel, a 20 de Novembro de 1858 e faleceu a 22 de Setembro de 1935 em Santo Antão, Évora. Era filho de José Maria de Aguiar, natural da paróquia de S. Tiago, freguesia da Ribeira Seca, concelho de Calheta, ilha de São Jorge e de Dª Maria José Cabral de Melo, natural da freguesia da Matriz de Ponta Delgada.

Ingressou na Arma de Artilharia em Agosto de 1879, tendo feito os estudos preparatórios para Engenharia Militar na Universidade de Coimbra em 1880.

No ano lectivo de 1882/1883, matriculou-se na Escola do Exército no Curso de Engenharia, após o que foi colocado com a patente de Alferes, no Batalhão n.º 2 dos Caçadores da Rainha. A 30 de Janeiro de 1886 foi promovido a Capitão e colocado no Regimento de Engenharia.

Foi nomeado governador interino de Moçâmedes em 1899 e posteriormente transferido para o cargo de governador do distrito do Congo. Em 3 de Outubro de 1902 foi nomeado governador do distrito de Huíla, passando à patente de Major em 1904.

Comandou uma expedição militar no sentido de tornar efectivo o domínio português nos territórios do Sul de Angola, entre os rios Cunene e Cubango, onde se acolhiam os povos da Damaralândia, fugidos da ocupação alemã. Esta expedição militar tinha como propósito bater N’Giva, residência do grande régulo do Cuanhama, rebelde desde sempre às autoridades portuguesas.

Compunham esta expedição, 40 oficiais, 467 praças europeias, 921 auxiliares indígenas e 11 civis, sob a chefia de João Maria de Aguiar, governador do distrito.

Em 25 de Setembro de 1904 uma coluna de reconhecimento das terras do Cuamato Pequeno, sob o comando do Capitão de artilharia Pinto de Almeida, deixou-se cercar e foi dizimada, sendo este acontecimento conhecido como o desastre do Vau do Pembe

Foi exonerado do cargo de Governador de Huíla em 1905. Em 1907 foi nomeado para fazer parte de uma comissão encarregada de elaborar o plano geral das obras a fazer no Hospital Militar Permanente de Lisboa.

Passou à reserva em 1917 com a patente de Coronel de Engenharia.

Em consequência da sua actividade militar, foram-lhe atribuídas várias condecorações e louvores, salientando-se o grau de 3ª Classe da Ordem da Águia Vermelha, concedido pelo Imperador da Alemanha e Rei da Prússia, sendo ainda agraciado, a 13 de Outubro de 1903 com a Medalha de Ouro da Classe de Serviços Distintos no Ultramar.

Por testamento de 11 de Outubro de 1930, João Maria de Aguiar legou parte dos seus livros à Junta Geral do Distrito de Ponta Delgada, com o desejo de os mesmos serem incorporados na Biblioteca Pública, onde seriam conservados juntos e separados dos que formam o fundo da biblioteca.

Esta disposição testamentária foi cumprida, dando o legado entrada na Biblioteca em 17 março de 1937, constituindo a Livraria João Maria de Aguiar.

Este fundo documental é constituído por 3000 títulos de monografias de alguns títulos de periódicos como Portugal em África, Archivo Portuguez-Oriental, Boletim da Sociedade de Geographia de Lisboa entre outros.

É um fundo especializado em ciências sociais, relações internacionais, estratégia e história das ex-colónias.

Inclui também uma coleção de cartografia com 321 exemplares, assim como 307 fotografias e 15 postais, de Angola.

Está disponível para consulta.